АИС «Мыслитель» автоматизирует образовательный процесс и административную работу организации: приём и учёт учащихся, договоры и оплаты, кадры, имущество, медицинские осмотры и внутренние коммуникации. Комплекс поставляется единым дистрибутивом и всегда предоставляется в полном составе. Перечисленные ниже функциональные подсистемы — неотъемлемые части одной программы: они работают на общем ядре, используют единую базу данных и общую систему прав доступа. Отдельно подсистемы не поставляются и не лицензируются, а разделы ниже нужны только для удобства навигации.